元皇帝讳睿，字景文，宣帝曾孙，琅邪恭王觐之子也。咸宁二年生于洛阳，有神光之异，一室尽明，所藉藁如始刈。及长，白豪生于日角之左，隆准龙颜，目有精曜，顾眄炜如也。年十五，嗣位琅邪王。幼有令闻。及惠皇之际，王室多故，帝每恭俭退让，以免于祸。沈敏有度量，不显灼然之迹，故时人未之识焉。惟侍中嵇绍异之，谓人曰：“琅邪王毛骨非常，殆非人臣之相也。”元康二年，拜员外散骑常侍。累迁左将军，从讨成都王颖。荡阴之败也，叔父东安王繇为颖所害。帝惧祸及，将出奔。其夜月正明，而禁卫严警，帝无由得去，甚窘迫。有顷，云雾晦冥，雷雨暴至，徼者皆驰，因得潜出。颖先令诸关无得出贵人，帝既至河阳，为津吏所止。从者宋典后来，以策鞭帝马而笑曰：“舍长！官禁贵人，汝亦被拘邪！”吏乃听过。至洛阳，迎太妃俱归国。东海王越之收兵下邳也，假帝辅国将军。寻加平东将军、监徐州诸军事，镇下邳。俄迁安东将军、都督扬州诸军事。越西迎大驾，留帝居守。永嘉初，用王导计，始镇建鄴，以顾荣为军司马，贺循为参佐，王敦、王导、周顗、刁协并为腹心股肱，宾礼名贤，存问风俗，江东归心焉。属太妃薨于国，自表奔丧，葬毕，还镇，增封宣城郡二万户，加镇东大将军、开府仪同三司。受越命，讨征东将军周馥，走之。及怀帝蒙尘于平阳，司空荀籓等移檄天下，推帝为盟主。江州刺史华轶不从，使豫章内史周广、前江州刺史卫展讨禽之。愍帝即位，加左丞相。岁余，进位丞相、大都督中外诸军事。遣诸将分定江东，斩叛者孙弼于宣城，平杜弢于湘州，承制赦荆扬。及西都不守，帝出师露次，躬擐甲胄，移檄四方，征天下之兵，克日进讨。于时有玉册见于临安，白玉麒麟神玺出于江宁，其文曰“长寿万年”，日有重晕，皆以为中兴之象焉。
建武元年春二月辛巳，平东将军宋哲至，宣愍帝诏曰：“遭运迍否，皇纲不振。朕以寡德，奉承洪绪，不能祈天永命，绍隆中兴，至使凶胡敢帅犬羊，逼迫京辇。朕今幽塞穷城，忧虑万端，恐一旦崩溃。卿指诏丞相，具宣朕意，使摄万机，时据旧都，修复陵庙，以雪大耻。”三月，帝素服出次，举哀三日。西阳王羕及群僚参佐、州征牧守等上尊号，帝不许。羕等以死固请，至于再三。帝慨然流涕曰：“孤，罪人也，惟有蹈节死义，以雪天下之耻，庶赎鈇钺之诛。吾本琅邪王，诸贤见逼不已！”乃呼私奴命驾，将反国。群臣乃不敢逼，请依魏晋故事为晋王，许之。辛卯，即王位，大赦，改元。其杀祖父母、父母，及刘聪、石勒，不从此令。诸参军拜奉车都尉，掾属驸马都尉。辟掾属百余人，时人谓之“百六掾”。乃备百官，立宗庙社稷于建康。时四方竞上符瑞，帝曰：“孤负四海之责，未能思愆，何徵祥之有？”丙辰，立世子绍为晋王太子。以抚军大将军、西阳王羕为太保，征南大将军、汉安侯王敦为大将军，右将军王导都督中外诸军事、骠骑将军，左长史刁协为尚书左仆射。封王子宣城公裒琅邪王。六月丙寅，司空、并州刺史、广武侯刘琨，幽州刺史、左贤王、渤海公段匹磾，领护乌丸校尉、镇北将军刘翰，单于、广宁公段辰，辽西公段眷，冀州刺史、祝阿子劭续，青州刺史、广饶侯曹嶷，兗州刺史、定襄侯刘演，东夷校尉崔毖，鲜卑大都督慕容廆等一百八十人上书劝进，曰：
臣闻天生蒸民，树之以君，所以对越天地，司牧黎元。圣帝明王监其若此，知天地不可以乏飨，故屈其身以奉之；知蒸黎不可以无主，故不得已而临之。社稷时难，则戚籓定其倾；郊庙或替，则宗哲纂其祀。是以弘振遐风，式固万世，三五以降，靡不由之。伏惟高祖宣皇帝肇基景命，世祖武皇帝遂造区夏，三叶重光，四圣继轨，惠泽侔于有虞，卜世过于周氏。自元康以来，艰难繁兴，永嘉之际，氛厉弥昏，宸极失御，登遐丑裔，国家之危，有若缀旒。赖先后之德、宗庙之灵，皇帝嗣建，旧物克甄。诞授钦明，服膺聪哲，玉质幼彰，金声夙振。冢宰摄其纲，百辟辅其政，四海想中兴之美，群生怀来苏之望。不图天不悔祸，大灾荐臻，国未忘难，寇害寻兴。逆胡刘曜，纵逸西都，敢肆犬羊，陵虐天邑。臣奉表使还，乃承西朝以去年十一月不守，主上幽劫，复沈虏庭，神器流离，再辱荒逆。臣每览史籍，观之前载，厄运之极，古今未有。苟在食土之毛，含血之类，莫不叩心绝气，行号巷哭。况臣等荷宠三世，位厕鼎司，闻问震惶，精爽飞越，且惊且惋，五情无主，举哀朔垂，上下泣血。
臣闻昏明迭用，否泰相济，天命无改，历数有归。或多难以固邦国，或殷忧以启圣明。是以齐有无知之祸，而小白为五伯之长；晋有丽姬之难，而重耳以主诸侯之盟。社稷靡安，必将有以扶其危；黔首几绝，必将有以继其绪。伏惟陛下，玄德通于神明，圣姿合于两仪，应命世之期，绍千载之运。符瑞之表，天人有征；中兴之兆，图谶垂典。自京畿陨丧，九服崩离，天下嚣然，无所归怀，虽有夏之遘夷羿，宗姬之离犬戎，蔑以过之。陛下抚征江左，奄有旧吴，柔服以德，伐叛以刑，抗明威以摄不类，杖大顺以号宇内。纯化既敷，则率土宅心；义风既暢，则遐方企踵。百揆时叙于上，四门穆穆于下。昔少康之隆，夏训以为美谈；宣王中兴，周诗以为休咏。况茂勋格于皇天，清晖光于四海，苍生颙然，莫不欣戴，声教所加，愿为臣妾者哉！且宣皇之胤，惟有陛下，意兆攸归，曾无与二。天祚大晋，必将有主，主晋祀者，非陛下而谁！是以迩无异言，远无异望，讴歌者无不吟讽徽猷，狱讼者无不思于圣德。天地之际既交，华夷之情允洽。一角之兽，连理之木，以为休征者，盖有百数。冠带之伦，要荒之众，不谋同辞者，动以万计。是以臣等敢考天地之心，因函夏之趣，昧死上尊号。愿陛下存舜禹至公之情，狭由巢抗矫之节；以社稷为务，不以小行为先；以黔首为忧，不以克让为事；上尉宗庙乃顾之怀，下释普天倾首之勤。则所谓生繁华于枯荑，育丰肌于朽骨，神人获安，无不幸甚。
臣闻尊位不可久虚，万机不可久旷。虚之一日，则尊位以殆；旷之浃辰，则万机以乱。方今踵百王之季，当阳九之会，狡寇窥窬，伺国瑕隙，黎元波荡，无所系心，安可废而不恤哉？陛下虽欲逡巡，其若宗庙何？其若百姓何？昔者惠公虏秦，晋国震骇，吕去阝之谋，欲立子圉，外以绝敌人之志，内以固阖境之情。故曰“丧君有君，群臣辑睦，好我者劝，恶我者惧。”前事之不忘，后代之元龟也。陛下明并日月，无幽不烛，深谋远猷，出自胸怀。不胜犬马忧国之情，迟睹人神开泰之路，是以陈其乃诚，布之执事。臣等忝于方任，久在遐外，不得陪列阙庭，与睹盛礼，踊跃之怀，南望罔极。
帝优令答之。语在琨传。
石勒将石季龙围谯城，平西将军祖逖击走之。己巳，帝傅檄天下曰：“逆贼石勒，肆虐河朔，逋诛历载，游魂纵逸。复遣凶党石季龙犬羊之众，越河南渡，纵其鸩毒。平西将军祖逖帅众讨击，应时溃散。今遣车骑将军，琅邪王裒等九军，锐卒三万，水陆四道，迳造贼场，受逖节度。有能枭季龙首者。赏绢三千匹，金五十斤，封县侯，食邑二千户。又贼党能枭送季龙首，封赏亦同之。”七月，散骑侍郎硃嵩、尚书郎顾球卒，帝痛之，将为举哀。有司奏，旧尚书郎不在举哀之例。帝曰：“衰乱之弊，特相痛悼。”于是遂举哀，哭之甚恸。丁未，梁王悝薨。以太尉荀组为司徒。弛山泽之禁。八月甲午，封梁王世子翘为梁王。荆州刺史第五猗为贼帅杜曾所推，遂与曾同反。九月戊寅，王敦使武昌太守赵诱、襄阳太守硃轨、陵江将军黄峻讨猗，为其将杜曾所败，诱等皆死之。石勒害京兆太守华谞。梁州刺史周访讨杜曾，大破之。十月丁未，琅邪王裒薨。十一月甲子，封汝南王子弼为新蔡王。丁卯，以司空刘琨为太尉。置史官，立太学。是岁，扬州大旱。
太兴元年春正月戊申朔，临朝，悬而不乐。三月癸丑，愍帝崩问至，帝斩缞居庐。丙辰，百僚上尊号。令曰：“孤以不德，当厄运之极，臣节未立，匡救未举，夙夜所以忘寝食也。今宗庙废绝，亿兆无系，群官庶尹，咸勉之以大政，亦何敢辞，辄敬从所执。”是日，即皇帝位。诏曰：“昔我高祖宣皇帝，诞应期运，廓开王基。景、文皇帝，奕世重光，缉熙诸夏。爰暨世祖，应天顺时，受兹明命。功格天地，仁济宇宙。昊天不融，降此鞠凶，怀帝短世，越去王都。天祸荐臻，大行皇帝崩殂，社稷无奉。肆群后三司六事之人，畴咨庶尹，至于华戎，致葺大命于朕躬。予一人畏天之威，用弗敢违。遂登坛南狱，受终文祖，焚柴颁瑞，告类上帝。惟朕寡德，缵我洪绪，若涉大川，罔知攸济。惟尔股肱爪牙之佐，文武熊罴之臣，用能弼宁晋室，辅余一人。思与万国，共同休庆。”于是大赦，改元，文武增位二等。庚午，立王太子绍为皇太子。壬申，诏曰：“昔之为政者，动人以行不以言，应天以实不以文，故我清静而人自正。其次听言观行，明试以功。其有政绩可述，刑狱得中，人无怨讼，久而日新，及当官软弱，茹柔吐刚，行身秽浊，修饰时誉者，各以名闻。令在事之人，仰鉴前烈，同心戮力，深思所以宽众息役，惠益百姓，无废朕命。远近礼贽，一切断之。”夏四月丁丑朔，日有食之。加大将军王敦江州牧，进骠骑将军王导开府仪同三司。戊寅，初禁招魂葬。乙酉，西平地震。五月癸丑，使持节、侍中、都督、太尉、并州刺史、广武侯刘琨为段匹磾所害。六月，旱，帝亲雩。改丹阳内史为丹阳尹。甲申，以尚书左仆射刁协为尚书令，平南将军、曲陵公荀崧为尚书左仆射。庚寅，以荥阳太守李矩为都督司州诸军事、司州刺史。戊戌，封皇子晞为武陵王。初置谏鼓谤木。秋七月戊申，诏曰：“王室多故，奸凶肆暴，皇纲驰坠，颠覆大猷。朕以不德，统承洪绪，夙夜忧危，思改其弊。二千石令长当祗奉旧宪，正身明法，抑齐豪强，存恤孤独，隐实户口，劝课农桑。州牧刺史当互相检察，不得顾私亏公。长吏有志在奉公而不见进用者，有贪惏秽浊而以财势自安者，若有不举，当受故纵蔽善之罪，有而不知，当受暗塞之责。各明慎奉行。”刘聪死，其子粲嗣伪位。八月，冀、徐、青三州蝗。靳准弑刘粲，自号汉王。冬十月癸未，加广州刺史陶侃平南将军。刘曜僭即皇帝位于赤壁。十一月乙卯，日夜出，高三丈，中有赤青珥。新蔡王弼薨。加大将军王敦荆州牧。庚申，诏曰：“朕以寡德，纂承洪绪，上不能调和阴阳，下不能济育群生，灾异屡兴，咎徵仍见。壬子、乙卯，雷震暴雨，盖天灾谴戒，所以彰朕之不德也。群公卿士，其各上封事，具陈得失，无有所讳，将亲览焉。”新作听讼观。故归命侯孙皓子璠谋反，伏诛。十二月，刘聪故将王腾、马忠等诛靳准，送传国玺于刘曜。武昌地震。丁丑，封显义亭侯焕为琅邪王。己卯，琅邪王焕薨。癸巳，诏曰：“汉高经大梁，美无忌之贤；齐师入鲁，修柳下惠之墓。其吴之高德名贤或未旌录者，具条列以闻。”江东三郡饥，遣使振给之。彭城内史周抚杀沛国内史周默以反。
二年春正月丁卯，崇阳陵毁，帝素服哭三日；使冠军将军梁堪、守太常马龟等修复山陵。迎梓宫于平阳，不克而还。二月，太山太守徐龛斩周抚，传首京师。夏四月，龙骧将军陈川以浚仪叛。降于石勒。太山太守徐龛以郡叛，自号兗州刺史，寇济岱。秦州刺史陈安叛，降于刘曜。五月癸丑，太阳陵毁，帝素服哭三日。徐杨及江西诸郡蝗。吴郡大饥。平北将军祖逖及石勒将石季龙战于浚仪，王师败绩。壬戌，诏曰：“天下凋弊，加以灾荒，百姓困穷，国用并匮，吴郡饥人死者百数。天生蒸黎而树之以君，选建明哲以左右之，当深思以救其弊。昔吴起为楚悼王明法审令，捐不急之官，除废公族疏远，以附益将士，而国富兵强。况今日之弊，百姓凋困邪！且当去非急之务，非军事所须者皆省之。”甲子，梁州刺史访及杜曾战于武当，斩之，禽第五猗。六月丙子，加周访安南将军。罢御府及诸郡丞，置博士员五人。己亥，加太常贺循开府仪同三司。秋七月乙丑，太常贺循卒。八月，肃慎献楛矢石砮。徐龛寇东莞，遣太子左卫率羊鉴行征虏将军，统徐州刺史蔡豹讨之。冬十月，平北将军祖逖使督护陈超袭石勒将桃豹，超败，没于阵。十一月戊寅，石勒僭即王位，国号赵。十二月乙亥，大赦，诏百官各上封事，并省众役。鲜卑慕容廆袭辽东，东夷校尉、平州刺史崔毖奔高句骊。是岁，南阳王保称晋王于祁山。三吴大饥。
三年春正月丁酉朔，晋王保为刘曜所逼，迁于桑城。二月辛未，石勒将石季龙寇厌次，平北将军、冀州刺史邵续击之，续败，没于阵。三月，慕容廆奉送玉玺三纽。闰月，以尚书周顗为尚书仆射。夏四月壬辰，枉矢流于翼轸。五月丙寅，孝怀帝太子诠遇害于平阳，帝三日哭。庚寅，地震。是月，晋王保为其将张春所害。刘曜使陈安攻春，灭之，安因叛曜。石勒将徐龛帅众来降。六月，大水。丁酉，盗杀西中郎将、护羌校尉、凉州刺史、西平公张寔，寔弟茂嗣，领平西将军、凉州刺史。秋七月丁亥，诏曰：“先公武王、先考恭王临君琅邪四十余年，惠泽加于百姓，遗爱结于人情。朕应天符，创基江表，兆庶宅心，襁负子来。琅邪国人在此者近有千户，今立为怀德县，统丹阳郡。昔汉高祖以沛为汤沐邑，光武亦复南顿，优复之科一依汉氏故事。”祖逖部将卫策大破石勒别军于汴水。加逖为镇西将军。八月戊午，尊敬王后虞氏为敬皇后。辛酉，迁神主于太庙。辛未，梁州刺史、安南将军周访卒。皇太子释尊于太学。以湘州刺史甘卓为安南将军、梁州刺史。九月，徐龛又叛，降于石勒。冬十月丙辰，徐州刺史蔡豹以畏懦伏诛。王敦杀武陵内史向硕。
四年春二月，徐龛又帅众来降。鲜卑末波奉送皇帝信玺。庚戌，告于太庙，乃受之。癸亥，日斗。三月，置周易、仪礼、公羊博士。癸酉，以平东将军曹嶷为安东将军。夏四月辛亥，帝亲览庶狱。石勒攻厌次，陷之。抚军将军、幽州刺史段匹磾没于勒。五月，旱。庚申，诏曰：“昔汉二祖及魏武皆免良人，武帝时，凉州覆败，诸为奴婢亦皆复籍，此累代成规也。其免中州良人遭难为扬州诸郡僮客者，以备征役。”秋七月，大水。甲戌，以尚书戴若思为征西将军、都督司兗豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥；丹阳尹刘隗为镇北将军、都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴。壬千，以骠骑将军王导为司空。八月，常山崩。九月壬寅，镇西将军、豫州刺史祖逖卒。冬十月壬午，以逖弟侍中约为平西将军、豫州刺史。十二月，以慕容廆为持节、都督幽平二州东夷诸军事、平州牧，封辽东郡公。
永昌元年正月乙卯，大赦，改元。戊辰，大将军王敦举兵于武昌，以诛刘隗为名，龙骧将军沈充帅众应之。三月，徵征西将军戴若思、镇北将军刘隗还卫京都。以司空王导为前锋大都督，以戴若思为骠骑将军，丹阳诸郡皆加军号。加仆射周顗尚书左仆射，领军王邃尚书右仆射。以太子右卫率周筵行冠军将军，统兵三千讨沈充。甲午，封皇子昱为琅邪王。刘隗军于金城，右将军周札守石头，帝亲被甲徇六师于郊外。遣平南将军陶侃领江州，安南将军甘卓领荆州，各帅所统以蹑敦后。四月，敦前锋攻石头，周札开城门应之，奋威将军侯礼死之。敦据石头，戴若思、刘隗帅众攻之，王导、周顗、郭逸、虞潭等三道出战，六军败绩。尚书令刁协奔于江乘，为贼所害。镇北将军刘隗奔于石勒。帝遣使谓敦曰：“公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安也。如其不然，腾当归于琅邪，以避贤路。”辛未，大赦。敦乃自为丞相、都督中外诸军、录尚书事，封武昌郡公，邑万户。丙子，骠骑将军、秣陵侯戴若思，尚书左仆射、护军将军、武城侯周顗为敦所害。敦将沈充陷吴国，魏乂陷湘州，吴国内史张茂，湘州刺史、谯王承并遇害。五月壬申，敦以太保、西阳王羕为太宰，加司空王导尚书令。乙亥，镇南大将军甘卓为襄阳太守周虑所害。蜀贼张龙寇巴东，建平太守柳纯击走之。石勒遣骑寇河南。六月，旱。秋七月，王敦自加兗州刺史郗鉴为安北将军。石勒将石季龙攻陷太山，执守将徐龛。兗州刺史郗鉴自邹山退守合肥。八月，敦以其见含为卫将军，自领宁、益二州都督。琅邪太守孙默叛，降于石勒。冬十月，大疫，死者十二三。己丑，都督荆梁二州诸军事、平南将军、荆州刺史、武陵侯王暠卒。辛卯，以下邳内史王邃为征北将军、都督青徐幽平四州诸军事，镇淮阴。新昌太守梁硕起兵反。京师大务，黑气蔽天，日月无光。石勒攻陷襄城、城父，遂围谯，破祖约别军，约退据寿春。十一月，以司徒荀组为太尉。己酉，太尉荀组薨。罢司徒，并丞相。闰月己丑，帝崩于内殿，时年四十七，葬建平陵，庙号中宗。
帝性简俭冲素，容纳直言，虚己待物。初镇江东，颇以酒废事，王导深以为言，帝命酌，引觞覆之，于此遂绝。有司尝奏太极殿广室施绛帐，帝曰：“汉文集上书皁囊为帷。”遂令冬施青布，夏施青綀帷帐。将拜贵人，有司请市雀钗，帝以烦费不许。所幸郑夫人衣无文彩。从母弟王暠为母立屋过制，流涕止之。然晋室遘纷，皇舆播越，天命未改，人谋叶赞。元戎屡动，不出江畿，经略区区，仅全吴楚。终于下陵上辱，忧愤告谢。恭俭之德虽充，雄武之量不足。始秦时望气者云“五百年后金陵有天子气”，故始皇东游以厌之，改其地曰秣陵，堑北山以绝其势。及孙权之称号。自谓当之。孙盛以为始皇逮于孙氏四百三十七载，考其历数，犹为未及；元帝之渡江也，乃五百二十六年，真人之应在于此矣。咸宁初，风吹太社树折，社中有青气，占者以为东莞有帝者之祥。由是徙封东莞王于琅邪，即武王也。及吴之亡，王濬实先至建鄴，而皓之降款，远归玺于琅邪。天意人事，又符中兴之兆。太安之际，童谣云：“五马浮渡江，一马化为龙。”及永嘉中，岁、镇、荧惑、太白聚斗、牛之间，识者以为吴越之地当兴王者。是岁，王室沦覆，帝与西阳、汝南、南顿、彭城五王获济，而帝竟登大位焉。初，玄石图有“牛继马后”，故宣帝深忌牛氏，遂为二榼，共一口，以贮酒焉，帝先饮佳者，而以毒酒鸩其将牛金。而恭王妃夏侯氏竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符云。
史臣曰：晋氏不虞，自中流外，五胡扛鼎，七庙隳尊，滔天方驾，则民怀其旧德者矣。昔光武以数郡加名，元皇以一州临极，岂武宣余化犹暢于琅邪，文景垂仁传芳于南顿，所谓后乎天时，先诸人事者也。驰章献号，高盖成阴，星斗呈祥，金陵表庆。陶士行拥三州之旅，郢外以安；王茂弘为分陕之计，江东可立。或高旌未拂，而遐心斯偃，回首朝阳，仰希乾栋，帝犹六让不居，七辞而不免也。布帐綀帷，详刑简化，抑扬前轨，光启中兴。古首私家不蓄甲兵，大臣不为威福，王之常制，以训股肱。中宗失驭强臣，自亡齐斧，两京胡羯，风埃相望。虽复六月之驾无闻，而鸿雁之歌方远，享国无几，哀哉！
明皇帝讳绍，字道畿，元皇帝长子也。幼而聪哲，为元帝所宠异。年数岁，尝坐置膝前，属长安使来，因问帝曰：“汝谓日与长安孰远？”对曰：“长安近。不闻人从日边来，居然可知也。”元帝异之。明日，宴群僚，又问之。对曰：“日近。”元帝失色，曰：“何乃异间者之言乎？”对曰：“举目则见日，不见长安。”由是益奇之。
建兴初，拜东中郎将，镇广陵。元帝为晋王，立为晋王太子。及帝即尊号，立为皇太子。性至孝，有文武才略，钦贤爱客，雅好文辞。当时名臣，自王导、庚亮、温峤、桓彝、阮放等，咸见亲待。尝论圣人真假之意，导等不能屈。又习武艺，善抚将士。于时东朝济济，远近属心焉。及王敦之乱，六军败绩，帝欲帅将士决战，升车将出，中庶子温峤固谏，抽剑斩鞅，乃止。敦素以帝神武明略，朝野之所钦信，欲诬以不孝而废焉。大会百官而问温峤曰：“皇太子以何德称？”声色俱厉，必欲使有言。峤对曰：“钩深致远，盖非浅局所量。以礼观之，可称为孝矣。”众皆以为信然，敦谋遂止。
永昌元年闰月己丑，元帝崩。庚寅，太子即皇帝位，大赦，尊所生荀氏为建安郡君。
太宁元年春正月癸巳，黄雾四塞，京师火。李雄使其将李骧、任回寇台登，将军司马玖死之。越巂太守李钊、汉嘉太守王载以郡叛，降于骧。二月，葬元帝于建平陵，帝徒跣至于陵所。以特进华恆为骠骑将军、都督石头水陆军事。乙丑，黄雾四塞。丙寅，陨霜。壬申，又陨霜，杀谷。三月戊寅朔，改元，临轩，停飨宴之礼，悬而不乐。丙戌，陨霜，杀草。饶安、东光、安陵三县灾，烧七千余家，死者万五千人。石勒攻陷下邳，徐州刺史卞敦退保盱眙。王敦献皇帝信玺一纽。敦将谋篡逆，讽朝廷徵己，帝乃手诏徵之。夏四月，敦下屯于湖，转司空王导为司徒，自领扬州牧。巴东监军柳纯为敦所害。以尚书陈为都督幽平二州诸军事、幽州刺史。五月，京师大水。李骧等寇宁州，刺史王逊遣将姚岳距战于堂狼，大破之。梁硕攻陷交州，刺史王谅死之。六月壬子，立皇后庾氏。平南将军陶侃遣参军高宝攻梁硕，斩之，传首京师。进侃位征南大将军、开府仪同三司。秋七月丙子朔，震太极殿柱。是月，刘曜攻陈安于陇城，灭之。八月，以安北将军郗鉴为尚书令。石勒将石季龙攻陷青州，刺史曹嶷遇害。冬十一月，王敦以其兄征南大将军含为征东大将军、都督扬州江西诸军事。以军事饥乏，调刺史以下米各有差。
二年春正月丁丑，帝临朝，停飨宴之礼，悬而不乐。庚辰，赦五岁刑以下。术人李脱造妖书惑众，斩于建康市。石勒将石季龙寇兗州，刺史刘遐自彭城退保泗口。三月，刘曜将康平寇魏兴，及南阳。夏五月，王敦矫诏拜其子应为武卫将军，兄含为骠骑大将军。帝所亲信常从督公乘雄、冉曾并为敦所害。六月，敦将举兵内向，帝密知之，乃乘巴滇骏马微行，至于湖，阴察敦营垒而出。有军士疑帝非常人。又敦正书寝，梦日环其城，惊起曰：“此必黄须鲜卑奴来也。”帝母荀氏，燕代人，帝状类外氏，须黄，敦故谓帝云。于是使五骑物色追帝。帝亦驰去，马有遗粪，辄以水灌之。见逆旅卖食妪，以七宝鞭与之，曰：“后有骑来，可以此示也。”俄而追者至，问妪。妪曰：“去巳远矣。”因以鞭示之。五骑传玩，稽留遂久，又见马粪冷，以为信远而止不追。帝仅而获免。丁卯，加司徒王导大都督、假节，领扬州刺史，以丹阳尹温峤为中垒将军，与右将军卞敦守石头，以光禄勋应詹为护军将军、假节、督硃雀桥南诸军事，以尚书令郗鉴行卫将军、都督从驾诸军事，以中书监庾亮领左卫将军，以尚书卞壸行中军将军。征平北将军、徐州刺史王邃，平西将军、豫州刺史祖约，北中郎将、兗州刺史刘遐，奋武将军、临淮太守苏峻，奋威将军、广陵太守陶瞻等还卫京师。帝次于中堂。秋七月壬申朔，敦遣其兄含及钱凤、周抚、邓岳等水陆五万，至于南岸。温峤移屯水北，烧硃雀桁，以挫其锋。帝躬率六军，出次南皇堂。至癸酉夜，募壮士，遣将军段秀、中军司马曹浑、左卫参军陈嵩、钟寅等甲卒千人渡水，掩其未备。平旦，战于越城，大破之，斩其前锋将何康。王敦愤惋而死。前宗正虞潭起义师于会稽。沈充帅万余人来会含等，庚辰，筑垒于陵口。丁亥，刘遐、苏峻等帅精卒万人以至，帝夜见，劳之，赐将士各有差。义兴人周蹇杀敦所署太守刘芳，平西将军祖约逐敦所署淮南太守任台于寿春。乙未，贼众济水，护军将军应詹帅建威将军赵胤等距战，不利。贼至宣阳门，北中郎将刘遐、苏峻等自南塘横击，大破之。刘遐又破沈充于青溪。丙申，贼烧营宵遁。丁西，帝还宫，大赦，惟敦党不原。于是分遣诸将追其党与，悉平之。封司徒王导为始兴郡公，邑三千户，赐绢九千匹；丹阳尹温峤建宁县公，尚书卞壸建兴县公，中书监庾亮永昌县公，北中郎将刘遐泉陵县公，奋武将军苏峻邵陵县公，邑各一千八百户，绢各五千四百匹；尚书令郗鉴高平县侯，护军将军应詹观阳县侯，邑各千六百户，绢各四千八百匹；建威将军赵胤湘南县侯，右将军卞敦益阳县侯，邑各千六百户，绢各三千二百匹。其余封赏各有差。冬十月，以司徒王导为太保、领司徒，太宰、西阳王羕领太尉，应詹为平南将军、都督江州诸军事、江州刺史，刘遐为监淮北诸军事、徐州刺史，庾亮为护军将军。诏王敦群从一无所问。是时，石勒将石生屯洛阳，豫州刺史祖约退保寿阳。十二月壬子，帝谒建平陵，从大祥之礼。梁水太守爨亮、盗窃州太守李逷以兴古叛，降于李雄。沈充故将顾飏反于武康，攻烧城邑，州县讨斩之。
三年春二月戊辰，复三族刑，惟不及妇人。三月，幽州刺史段末波卒，以弟牙嗣。戊辰，立皇子衍为皇太子，大赦，增文武位二等，大酺三日，赐鳏寡孤独帛，人二匹。癸巳，征处士临海任旭、会稽虞喜并为博士。夏四月，诏曰：“大事初定，其命惟新。其令太宰、司徒巳下，诣都坐参议政道，诸所因革，务尽事中。”又诏曰：“餐直言，引亮正，想群贤达吾此怀矣。予违汝弼，尧舜之相君臣也。吾虽虚暗，庶不距逆耳之谈。稷契之任，君居之矣。望共勖之。”己亥，雨雹。石勒将石良寇兗州，刺史檀赟力战，死之。将军李矩等并众溃而归，石勒尽陷司、兗、豫三州之地。五月，以征南大将军陶侃为征西大将军、都督荆湘雍梁四州诸军事、荆州刺史，王舒为安南将军、都督广州诸军事、广州刺史。六月，石勒将石季龙攻刘曜将刘岳于新安，陷之。以广州刺史王舒为都督湘州诸军事、湘州刺史，湘州刺史刘顗为平越中郎将、都督广州诸军事、广州刺史。大旱，自正月不雨，至于是月。秋七月辛未，以尚书令郗鉴为车骑将军、都督青兗二州诸军事、假节，镇广陵，领军将军卞壸为尚书令。诏曰：“三恪二王，世代之所重；兴灭继绝，政道之所先。又宗室哲王有功勋于大晋受命之际者，佐命功臣，硕德名贤，三祖所与共维大业，咸开国胙土、誓同山河者，而并废绝，禋祀不传，甚用怀伤。主者其祥议诸应立后者以闻。”又诏曰：“郊祀天地，帝王之重事。自中兴以来，惟南郊，未曾北郊，四时五郊之礼都不复设，五岳、四渎、名山、大川载在祀典应望秩者，悉废而未举。主者其依旧详处。”八月，诏曰：“昔周武克殷，封比干之墓；汉高过赵，录乐毅之后，追显既往，以劝将来也。吴时将相名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”闰月，以尚书左仆射荀崧为光禄大夫、录尚书事，尚书邓攸为尚书左仆射。壬午，帝不豫，召太宰、西阳王羕，司徒王导，尚书令卞壸，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹阳尹温峤并受遗诏，辅太子。丁亥，诏曰：“自古有死，贤圣所同，寿夭穷达，归于一概，亦何足特痛哉！朕枕疾已久，常虑忽然。仰惟祖宗洪基，不能克终堂构，大耻未雪，百姓涂炭，所以有慨耳。不幸之日，敛以时服，一遵先度，务从简约，劳众崇饰，皆勿为也。衍以幼弱，猥当大重，当赖忠贤，训而成之。昔周公匡辅成王，霍氏拥育孝昭，义行前典，功冠二代，岂非宗臣之道乎？凡此公卿，时之望也。敬听顾命，任托付之重，同心断金，以谋王室。诸方岳征镇，刺史将守，皆朕扞城，推毂于外，虽事有内外，其致一也。故不有行者，谁扞牧圉？譬若脣齿，表里相资。宜戮力一心，若合符契，思美焉之美，以缉事为期。百辟卿士，其总己以听于冢宰，保祐冲幼，弘济艰难，永令祖宗之灵，宁于九天之上，则朕没于地下，无恨黄泉。”戊子，帝崩于东堂，年二十七，葬武平陵，庙号肃祖。
帝聪明有机断，尤精物理。于时兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极艰虞。属王敦挟震主之威，将移神器。帝骑驱遵养，以弱制强，潜谋独断，廓清大昆。改授荆、湘等四州，以分上流之势，拨乱反正，强本弱枝。虽享国日浅，而规模弘远矣。
史臣曰：维扬作宇，凭带洪流，楚江恆战，方城对敌，不得不推诚将相，以总戎麾。楼船万计，兵倍王室，处其利而无心者，周公其人也。威权外假，嫌隙内兴，彼有顺流之师，此无强籓之援。商逢九乱，尧止八音，明皇负图，属在兹日。运龙韬于掌握，起天旆于江靡，燎其余烬，有若秋原。去缞绖而践戎场，斩鲸鲵而拜园阙。镇削威权，州分江汉，覆车不践。贻厥孙谋。其后七十余年，终罹敬道之害。或曰：“兴亡在运，非止上流。”岂创制不殊，而弘之者异也。
赞曰：倾天起害，猛兽呈灾。琅邪之子，仁义归来，龚行赵璧，命箠荆台。云瞻北晦，江望南开。晋阳御敌，河西全壤。胡寇虽艰，灵心弗爽。三方驰骛，百蛮从响。宝命还昌，金辉载明。明后岐嶷，军书接要。莽首晨悬，董脐昏燎。厥德不回，余风可劭。